I documenti più datati conosciuti in cui è riportato il toponimo il faraglione della Colombaia sono la Topografia dell’isola di Ustica ed antica abitazione di essa di Andrea Pigonati, pubblicata a Palermo nel 1762, e la Pianta dell’isola di Ustica datata 1770, ritrovata nella Biblioteca Nazionale di Napoli. Entrambi sono frutto della ricognizione dell’isola effettuata nell’aprile del 1759 da un gruppo di ingegneri guidati dall’ingegnere militare Giuseppe Valenzuola per predisporre il plano per la colonizzazione dell’isola realizzata nel 1763. La relazione Pigonati contiene dieci toponimi, la pianta quindici. In entrambi i documenti figura il toponimo «Palombaro», che non si riscontra in altri successivi documenti nei quali, invece, è riportato Colombaia, Colombaro, Colombajo., Colombaru.
Il toponimo è attribuibile ai pescatori trapanesi che frequentavano l’isola sin dal XVII secolo per la pesca del corallo. Frequentazione assidua anche nel Settecento come documenta Carmelo Trasselli nel suo saggio Il popolamento dell’isola di Ustica nel secolo XVIII, per Sciascia editore, Caltanissetta-Roma, 1966, pp. 107-109.
Il richiamo ai Trapanesi è suggerito dalla forte somiglianza del profilo dei Faraglioni con l’isolotto fortificato che sorge proprio innanzi al porto di Trapani, chiamato appunto Colombaia, Colombaya, Columbara, toponimo derivante «de colombes du Mont Erix, qui se passeur, blaient sur ses rocher, au moment de leur depart pour l’Afrique» (Cfr. Il libro delle torri di S. Mazzarella-R. Zanca, Palermo, 1985, p. 204).
Il faraglione è segnalato col toponimo Colombara nella carta del cap. Smyth nel 1823 e L. Merli nel 1867, nelle carte IGM Palermo e Foglio 249 del 1885; con Colombaio nella carta di P. Calcara del 1843; con Colombaro nella carta di Durando del 1896, in quella di L.S. d’Asburg del 1898 e nelle tavolette IGM del 1912, 1925, 1958 e del 970 vigente ancora oggi; Colombaia nella carta Ustica Island di Wharton nel 1874.
Il toponimo è stato attribuito alla vicina grotta sulla costa e alla grotta scavata dal mare sul lato nord dello stesso scoglio e anche alla secca, un tempo chiamata Secca Galera, che dista un miglio dalla costa.
Lo scoglio a levante della Colombaia è stato battezzato col toponimo Nerone nella pianta dell’isola a matita grassa disegnata nel 1957 dal pittore Giovanni Omiccioli, che figura solo in qualche cartina turistica.
